Pour atteindre cet objectif, plusieurs missions sont conduites en parallèle :

1 - Œuvrer en faveur d’un effacement ou d’un aménagement des ouvrages hydrauliques inutilisés

De nos jours, la plupart des ouvrages hydrauliques n'ont plus d'utilité économique. L'aménagement de ces ouvrages voir leur effacement a des répercussions positives sur l’état écologique des cours d'eau.

2 - Remettre les cours d'eau dans leur lit naturel partout où cela est écologiquement possible et socialement acceptable

En de nombreux points de leur tracé, les rivières se divisent en plusieurs bras qui permettaient d’alimenter en eau les anciens moulins. Les biefs ainsi créés sont situés au-dessus du lit naturel de la rivière et présentent des obstacles (chutes, vannages, déversoirs, clapets…) à la libre circulation des espèces piscicoles. Or souvent le débit principal est dirigé vers ces biefs, laissant les vraies linéaires à l’état de ruisseau, notamment en période d’étiage.
Divers aménagements urbains se sont développés autour de cette situation, au risque d’accroître les débordements de la rivière.
Redonner du débit au lit naturel, voire supprimer les biefs, auraient des répercussions positives sur l’état écologique des cours d'eau. Cela n’est toutefois pas possible partout (ponts sous-dimensionnés, résistance des propriétaires de vannages, constructions aux abords immédiats du cours d’eau…).

3 - Sensibiliser les riverains au bon entretien des berges et de leur végétation

Les végétaux assurent, grâce à leurs racines, le maintien des berges et permettent de diversifier les habitats. Ils concourent également à l’épuration des eaux et constituent une source de nourriture pour les espèces. Entretenus régulièrement, ils doivent laisser passer la lumière et permettre le développement de la vie aquatique. L’alternance des espèces dans la ripisylve, locales si possible, et des hauteurs est un plus.

4 - Sensibiliser le grand public aux gestes éco-citoyens

La rivière n’est pas un dépotoir ! « L’eau fait partie du patrimoine commun de la nation. Sa protection, sa mise en valeur et le développement de la ressource utilisable, dans le respect des équilibres naturels, sont d’intérêt général. » Art. L210-1 du code de l’environnement

La rivière abrite des espèces animales et végétales qui interagissent entre elles. Ces espèces ont besoin de nourriture et d’énergie, fournies autant par la partie vivante que non vivante de l’écosystème, mais aussi de se déplacer, notamment pour se reproduire. Toute action sur ce milieu peut provoquer des modifications de leurs conditions de vie.
C’est le cas notamment de l’urbanisation, des prélèvements d’eau potable, des pollutions, du piétinement des berges par des animaux, du désherbage chimique, du brûlage de végétaux, du rejet de déchets en bordure de rivière, dont les déchets de tonte…